تشير المعطيات المتوفرة بقسم الأبحاث في مؤسسة حقوق الإنسان أن هناك تباطؤا شديدا وعدم مهنية على ما يبدو مبرمجة ، فيما يتعلق بفتح ومتابعة ملفات التحقيق الجنائية لدى الشرطة العسكرية والنيابة العامة للجيشالاسرائيلي ، والتي يشتبه بان ارتكبها جنود او ضباط في الجيش الاسرائيلي او حتى مستوطنين، الأمر الذي يشكل أولا خطرا كبيرا على مجريات التحقيق (خاصة وانه في غالبية الملفات الجنائية العامل الزمني للتحقيق يؤثر بشكل كبير على مجريات التحقيق) وثانيا فيما يتعلق باتخاذ القرار بتقديم المشبوهين للمحاكمة بعد الانتهاء من التحقيق.
وتشير مؤسسة حقوق الانسان أن المعطيات المتوفرة لديها والمدعومة والمثبتة بالدلائل القاطعة ، هي أيضا نفس ما جاء في تقرير لجنة التحقيق الأممية والتي ترأسها القاضي غولدستون والتي أقرت انه ليس بالإمكان الاستناد إلى تحقيقات الجيش الاسرائيلي بقضايا اعتداء جنوده على مواطنين فلسطينيين.
المعطيات التي استندت إليها مؤسسة حقوق الانسان فحصت المسار الجنائي في مرحلتين مختلفتين ، الأولى قرار فتح التحقيق من قبل محققي الشرطة العسكرية الاسرائيلية واتخاذ قرار تقديم لوائح اتهام من قبل النيابة العامة العسكرية بعد إنهاء التحقيق, وحسب المعطيات المتوفرة لدى المؤسسة التي تتابع أكثر من 130 ملف تحقيق فان 76 ملفا ما زالوا ينتظروا اتخاذ قرار النيابة العامة و 12 ملف ينتظر اتخاذ القرار أكثر من سنة وفي 11 ملفا لم يتم اتخاذ قرار تقديم أو عدم تقديم لوائح اتهام وفي ملف واحد لم يتم اتخاذ القرار بفتح التحقيق أصلا رغم وجود شكوى رسمية.
وفي 26 ملف تأخر اتخاذ القرار من ستة أشهر إلى سنة ، في الوقت الذي في 18 ملف من بين هذه الملفات لم يتم حتى اليوم اتخاذ القرار بتقديم أو عدم تقديم المشبوهين للمحاكمة وفي 8 ملفات إضافية تم تجميد التحقيق بأمر من النيابة العامة العسكرية الاسرائيلية . أما بالنسبة ل 38 ملف والذي تم تحويلهم الى النيابة العسكرية في الستة أشهر الأخيرة لم يتم حتى اليوم اتخاذ أي قرار بشأنهم و 14 تحقيق لدى الشرطة العسكريةالاسرائيلية تم تحويله إلى النيابة العامة العسكرية ليتم اتخاذ قرار بشأنهم الا انه لم يتم الى اليوم اتخاذ أي قرار بشأنهم اما في 26 ملف أخر فقد تم الانتهاء من معالجتهم وفي 7 منهم اتخذ القرار بشأنهم بعد اكثر من سنة و 12 اتخذ القرار بشأنهم بعد نصف عام الى عام منذ ان تم تحويلهم من الشرطة العسكرية الى النيابة العسكرية.
وفي هذا السياق وعلى ضوء النتائج المقلقة قال المستشار القانوني لمؤسسة حقوق الانسان :عند التأخر والتباطؤ باتخاذ القرار بفتح التحقيق لعدة أشهر فان إمكانية التوصل إلى الحقائق تكون ضئيلة جدا وعندما يتم اتخاذ القرار بتقديم لائحة اتهام بعد مرور سنوات فليس من الممكن ان تكون محاكمة عادلة" ويضيف "ان النتيجة النهائية عندما لا يتم الحفاظ على حقوق الإنسان في الأراضي المحتلة من قبل الجيش الاسرائيلي ولا يتم اتخاذ القرار بتقديم المشبوهين للمحاكمة في إسرائيل فانه سيتم تقديمهم للمحاكمة خارج البلاد".
فيما يلي بعض الأمثلة لعدم فتح التحقيق من قبل الشرطة العسكرية الاسرائيلية وتأخر اتخاذ القرار في النيابة العامة العسكرية لتقديم لوائح اتهام:
o في 10.11.2006 تم إيقاف مجموعة من 16 فلسطينيا من قرية الزاوية , حيث تم الاعتداء على بعضهم من قبل الجنود الاسرائيليين في الوقت الذي كانت أيديهم مكبلة وأعينهم مغطاة , تم تقديم شكاوى باسم المعتدى عليهم للشرطة العسكرية الاسرائيلية من قبل مؤسسة حقوق الانسان حيث تم إبلاغ المؤسسة بتاريخ 3.12.2007 انه تم تحويل الملف للنيابة العامة العسكرية لاتخاذ قرار , إلا انه حتى اليوم لم يتم اتخاذ أي قرار بالقضية.
o بتاريخ 18.3.2007 تم الاعتداء من قبل جنود الجيش الاسرائيلي على طالب جامعي فلسطيني في حاجز حواره وتسبب الاعتداء لأضرار جسدية جسيمة وأضرار نفسية كبيرة، حتى اليوم لم يتم تحويل التحقيق من الشرطة العسكرية إلى النيابة العامة العسكرية الاسرائيلية ولم يتم اتخاذ أي قرار بالملف.
o بتاريخ 12.12.2008 أصيب طفل فلسطيني يبلغ من العمر 14 عاما من الخليل بشكل بالغ جراء إطلاق الرصاص عليه من قبل الجنود الإسرائيليين، وتم تقديم شكوى بمساعدة مؤسسة "يش دين" حتى اليوم لم تأمر النيابة العامة العسكرية على فتح التحقيق.
